تبدأ القصة عندما يجد أبطال القصة أنفسهم في عالم غير عالمهم، ويكتشفون أنه تم نقلهم إلى المستقبل بطريقةٍ ما، ولسبب مجهول. وأبرز شخصية تلاحظ الأمر وتُدرك تبعات التلاعب بالزمن، هي شخصية رايدن – Raiden. تلك الشخصية المحبوبة، الصارمة، والدقيقة في كل شيء وأي شيء.
يتضح مع الوقت أن التي قامت بنقلهم من الماضي إلى المستقبل هي كرونيكا – Kronika، المسؤولة عن حفظ انسيابية الزمن في الأساس. السؤال البديهي هنا: لماذا قررت كرونيكا أن تخلط خيوط الأزمان ببعضها البعض، وأن تجعل الشخصيات تحارب نسخها المستقبلية بدون رحمة؟ الأمر بالتأكيد ليس للتسلية، الأمر له أبعاد أخرى كثيرة، والتي نتعرف عليها خلال القصة بالتدريج.
لذلك قصة Mortal Kombat 11 تتمحور حول محاربة الأبطال، لشخصياتهم المستقبلية بهدف الانسياق خلف الخطة التي وضعتها كرونيكا لتحقيق هدفٍ ما. وبالتأكيد، كعادة استوديو NetherRealm، يستحيل أن تسير الخطة كما وضعها الشرير، أليس كذلك؟
