هذه الرواية ثار حولها جدل لم يثر مثله حول رواية عربية معاصرة. أحد جوانب هذا الجدل كان يثور – ولايزال – يثور – حول ما إذا كان نجيب محفوظ يرمز بشخصيات روايته إلى الله تبارك وتعالى وللأنبياء عليهم الصلاة والسلام، ومسألة الصراع المفتعل بين العلم والدين وهي مسألة أجنبية عن ثقافتنا العربية والإسلامية.